A l’origine l’innéisme est la doctrine soutenant l’existence d’idées innées, c’est-à-dire non acquises, de quelque façon que ce soit, par le sujet. Cette thèse s’est généralisée de deux manières. Premièrement ce ne sont plus seulement les idées qui peuvent être jugées innées, mais aussi des comportements. Ensuite le développement de la biologie a entraîné la différenciation de deux formes d’innéisme, l’une qui prolonge le sens classique et que l’on peut qualifier de philosophique ou d’intellectuelle, l’autre qui renvoie à la notion d’innéité biologique.

Alors que, par exemple, l’innéisme philosophique soutiendra que les axiomes logiques (le principe de non-contradiction, etc.) sont des idées innées à l’esprit humain, l’innéisme biologique affirmera qu’un tel axiome est d’une manière ou d’une autre déterminé par le patrimoine héréditaire que le sujet reçoit de ses parents.