Par classification naturelle, il faut entendre l’activité à laquelle procède le naturaliste lorsqu’il s’efforce de découvrir, au sein de la classe générale des êtres vivants, des sous-classes (des genres, des espèces, des variétés, etc.) qui sont distinguées les unes des autres pour des raisons proprement théoriques, et non pas par simple commodité (ainsi distinguer les variétés de souris blanches des variétés de souris grises se justifie non seulement pour des raisons pratiques, par exemple commerciales, mais parce que les souris blanches ont effectivement une propriété biologique commune, un bagage héréditaire spécifique, qui permet de les distinguer naturellement des autres souris).

Plus précisément la seule utilité qui entre en jeu dans l’effort d’établir une classification naturelle est celle fournie par la fin théorique poursuivie, à savoir aboutir à une meilleure connaissance de la nature.

Dans la mesure où le problème théorique posé est celui de la filiation des êtres vivants, la classification naturelle revient principalement à chercher à regrouper les individus (et les groupes d’individus, les groupes de groupes d’individus, etc.) selon les liens supposés de filiation des regroupements ainsi établis, et non pas en raison de caractères perceptibles communs, permettant au naturaliste de distinguer plus facilement les organismes les uns des autres, ce qui serait adopter un principe opportuniste de classification.