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La deuxième annexe relie la notion d'équilibration cognitive aux recherches sur les correspondances, les morphismes et leurs transformations réalisées parallèlement au CIEG. Quant à la troisième annexe, elle révèle la similitude qui existe, selon Piaget, entre le mécanisme de phénocopie par lequel le génome d'une espèce en vient peu à peu à intégrer des adaptations qui se font d'abord sur le plan des adaptations individuelles, et la façon dont, sur le plan cognitif, les régulations se font d'abord par simple rejet ou réaction aux perturbations rencontrées par les schèmes de conduites et de conceptualisation, avant d'être peu à peu intégrées et compensées par des régulations dites beta, puis même d'être anticipées par les systèmes opératoires dans lesquelles chaque opération ou affirmation est mise en rapport, au sein même du système auxquelles elle appartient, avec son inverse ou sa réciproque.
Dans une première partie qui concerne les observables, il note que leur construction fait intervenir à la fois le "donné" perceptif et l'assimilation qu'en fait le sujet à travers l'activité de conceptualisation. On y apprend tout d'abord qu'à ses yeux le perceptible peut agir sur le sujet alors même que celui-ci le rejette. Une telle assimilation peut en effet conduire au début de la construction de la construction d'un observable à des conflits ou des contradictions que le sujet va alors chercher à éviter en refoulant ou en réprimant ce qu'à un certain niveau il a pourtant perçu, avant d'en arriver au contraire à dépasser ces conflits en transformant les schèmes d'assimilation cognitive ou de conceptualisation. Une telle analyse fonctionnelle et psychologique de l'activité du sujet dans sa confrontation avec le perceptible n'est pas sans évoquer l'approche freudienne. En un sens, Piaget ne fait ici que développer, en les différenciant à partir des faits recueillis dans les recherches des années 1970, les liens anciennement entrevus entre le fonctionnement de l'intelligence représentative et le fonctionnement de la pensée tel que Freud l'avait interprété dans le contexte de la vie affective de ses patients.
Toujours à propos de l'assimilation des observables, Piaget examine ensuite comment, dans une seconde étape dans laquelle l'enfant ne procède plus par refoulement, l'intervention des régulations compensatrices va aboutir à la constitution de prérelations (par exemple, à propos de la sériation de baguettes de longueurs différentes, par regroupement des différences et des ressemblances en catégories de plus en plus fines: les plus petites, alors rangées ensemble sans tenir compte de leurs différences, les un peu plus grandes, les encore un peu plus grandes, …, enfin les plus grandes) puis de relations entre observables (dans l'exemple de la sériation, la mise en relation de chacune des baguettes, de la plus petite à la plus grande, ou inversément, ce qui implique qu'une baguette peut être à la fois plus grande que la précédente et plus petite que la suivante, la transitivité de la relation asymétrique, etc.).
Dans une troisième étape, Piaget examine la progression des coordinations attribuées aux objets (donc de la causalité) ainsi que la progression des coordinations logico-mathématiques qui concernent le sujet. Là encore, Piaget s'arrête longuement sur le rôle des régulations et de leur caractère compensateur dans cette double progression des coordinations qui, pour les coordinations propres au sujet, aboutit à la construction de structures cognitives stables.
En définitive, en revenant sur le caractère essentiel de compensation propre aux régulations et mis en lumière tant sur le plan de la construction des observables et de leur mise en relation que sur celui des coordinations, Piaget parvient à dégager la raison pour laquelle les régulations propres à l'équilibration des structures cognitives expliquent la forme "finale" de ces structures. C'est que, de par ce caractère, les régulations elles-mêmes comportent une forme mathématique, forment qu'elles impriment d'une certaine manière aux contenus sur lesquelles elles portent. Sur le terrain de la construction logico-mathématique, il y a ainsi homogénéité totale entre l'outil (la régulation et sa forme logico-mathématique) et le produit de l'équilibration. Ou comme l'écrit Piaget, sur le terrain logico-mathématique, la régulation "ne revient qu'à modifier des formes en utilisant ses propres formes" (p. 166). Partout ou la régulation intervient, elle aboutit ainsi à introduire du logico-mathématique, y compris dans la réalité physique telle qu'elle est perçue et connue par le sujet.
Ce constat que dresse ainsi Piaget lui permet de justifier son affirmation déjà ancienne selon laquelle les opérations qui composent les structures opératoires ont leur source et ne sont que l'aboutissement des régulations observées dans les étapes qui précèdent leur apparition chez le sujet. Elles sont bien en ce sens des régulations parfaites, et elles comportent elles aussi ce caractère de compensation propres aux régulations en général (chaque opération voit son effet compensé par une opération inverse, réciproque ou corrélative, ce qui permet au sujet de retrouver tout état de pensée logique préalablement atteint; c'est là la réversibilité opératoire que Piaget a depuis longtemps identifiée comme étant le trait le plus caractéristique de la pensée logique).
Enfin, Piaget termine ce chapitre par une longue conclusion dans laquelle il insiste sur la dimension ouverte de toute construction cognitive, y compris en ce qui concerne les structures opératoires, qui sont sources de nouvelles possibilités de pensée, de nouveaux problèmes imprévisibles qui exigeront le dépassement de ces structures, la construction de nouvelles qui englobent les précédentes, ce qui explique le caractère à la fois novateur et orienté du développement cognitif et de l'histoire des sciences, etc.
Voilà dans quels termes Piaget présentent ce chapitre au tout début de celui-ci: "L'équilibration des notions de conservation donne lieu à des problèmes complexes, traités trop sommairement en notre essai de 1957 (Logique et équilibre) comme s'il ne s'agissait que de probabilités de rencontre entre le sujet et les propriétés de l'objet, alors qu'il intervient des régulations compensatrices conduisant en particulier à la mise en correspondance des aspects positifs et négatifs des transformations." Ajoutons que Piaget s'intéresse beaucoup plus qu'il ne le faisait dans le passé aux conduites intellectuelles effectives par lesquelles le sujet peut être amené à résoudre les problèmes cognitifs que lui pose le traitement des quantités… On aperçoit également mieux, à la lumière de l'analyse des quelques exemples illustrant ce chapitre, ce que peut signifier, du point de vue de l'épistémologie génétique, la thèse de l'interaction sujet-objet, ainsi que la dialectique de l'équilibration entre les affirmations et les négations qui est l'une des causes majeures de la progression des connaissances et de la construction des structures opératoires.
Ce rapport aux faits recueillis pour mieux cerner les prises de conscience, les régulations de l'action, l'abstraction réfléchissante… mais aussi le rôle fécond des conflits cognitifs dans les constructions opératoires (voir opus cité de Inhelder et al. ci-dessus) n'empêche nullement Piaget d'avoir en vue, dans ce chapitre, les principaux résultats de l'épistémologie génétique concernant les mathématiques et les sciences physiques, qui éclairent les nouveaux modèles ici proposés de l'équilibration et de ses variétés, tout autant que ces modèles permettent d'approfondir, de mieux cerner les différences entre la pensée mathématique et la pensée physique.
La deuxième partie de ce chapitre contient une description des étapes des compensations qui permettent au sujet d'annuler les perturbations ou de dépasser les lacunes des systèmes cognitifs précédemment construits. Trois types de conduites sont en particulier distinguées: (1) les conduites alpha, annulant, rejetant ou ignorant l'élément perturbateur d'un système cognitif, (2) les conduites beta, intégrant cet élément et compensant son effet déstabilisateur, et enfin (3) les conduites gama, propres aux systèmes opératoires, qui permettent d'anticiper toutes les variations possibles.
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