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La troisième partie de l'Introduction à l'épistémologie a pour objet la pensée biologique. Elle est composée de deux chapitres. Le premier (= chapitre IX de l'Introduction à l'épistémologie génétique) porte sur «La structure de la connaissance biologique», ou encore sur «le mode de connaissance propre à la biologie» (comparativement aux sciences mathématiques et physiques). Le second a pour objet «La signification épistémologique des théories de l'adaptation et de l'évolution» (thème dans lequel on reconnaît le prolongement d'une analyse qui a débuté dans les années 1920, dans le cadre des recherches sur l'adaptation des limnées).
Cette troisième partie, par laquelle débute le dernier des trois volumes de l'Introduction à l'épistémologie, est suivie d'une quatrième partie qui, elle, porte sur «la pensée psychologique, la pensée sociologique et la logique».
Précédé d’une brève introduction de deux pages dans laquelle est brièvement présentée la place de la biologie dans le système (circulaire) des sciences, ce neuvième chapitre de l’Introduction à l’épistémologie génétique a pour objet l’examen épistémologique des grandes étapes de la connaissance biologique telle qu’elle s’est déployée dans les domaines de la systématique (la taxonomie), de l’anatomie comparée, de l’embryologie descriptive puis causale, et de la physiologie.
Complété par les réflexions sur les propres activités, observations et thèses que Piaget a pu réaliser et développer dans le cadre de ses travaux de biologie sur la classification des mollusques et sur l’adaptation des limnées, le triple examen de la pensée biologique à l’oeuvre dans les domaines de la systématique, de l’anatomie comparée et de l’embryologie descriptive révèle que les structures qui la sous-tendent sont les mêmes que celles dégagées dans l’examen de la pensée logique de l’enfant. Les activités du biologiste en ces trois domaines sont pour l’essentiel des activités de classification et de sériation, que ce soit sous une forme additive ou une forme multiplicative, ainsi que de mises en correspondance (notamment en anatomie comparée). Toujours en ces trois domaines, la pensée biologique est donc une pensée foncièrement qualitative, les opérations métriques et les déductions mathématiques ne jouant qu’un rôle de second plan dans la structuration des connaissances qui leur sont propres.
Il découle de cette limitation de la pensée biologique (telle qu’elle se présentait encore au milieu du 20e siècle) l’impossibilité de reconstruire déductivement l’évolution des formes biologiques. Pour Piaget, une telle limitation des capacités déductives de la biologie (comparativement aux transformations physiques que la science physique parvient à déduire) tient largement à la nature même de l’évolution biologique dans laquelle le hasard intervient à tous les niveaux. Pour Piaget, il est cependant possible que les progrès de la génétique, en donnant prise à la pensée combinatoire, permette à la biologie de l’évolution de dépasser les limitations propres à la forme de pensée qualitative. De même, l’examen de la physiologie révèle que la biologie peut elle aussi faire usage de démarches cognitives qui ne se limitent pas, pour l’essentiel, aux démarches propres aux groupements logiques tels que Piaget les a formalisés dans son Traité de logique (publié en 1949). En ce domaine en effet, comme en physique, le biologiste parvient à dégager des lois, et même à les déduire à partir de la connaissance qu’il a des mécanismes physico-chimique en jeu.
Notons encore que les dernières sections de ce chapitre ont pour objet, l’une, l’examen de la finalité en biologie, l’autre l’articulation entre explication physique et explication biologique. En ce qui concerne la notion de finalité, Piaget en critique l’usage, dans la mesure où, pour lui, cette notion ne peut être évoquée pour expliquer le déroulement des phénomènes physico-chimiques (auxquels la biologie tend toujours davantage à réduire son objet). La finalité (qui doit être complètement dissociée de la notion de cause) n’a de sens, à ses yeux, que sur le plan des implications propres à la conscience, plan qui intervient parallèlement à celui de l’enchaînement des causes étudié par la biologie (psychologie du comportement comprise, dans la mesure où sont mis entre parenthèses le flux de la conscience et ses états).
En définitive, ce chapitre est une illustration de la connaissance approfondie que Piaget avait, lorsqu’il l’écrivait, des sciences biologiques et de leur histoire, qu’il aborde à la manière dont il le fait pour le développement des connaissances chez l’enfant et l’adolescent. Cependant, il faut souligner qu’alors même que Piaget écrivait ce chapitre, la biologie, et en particulier la biologie de l’évolution, allait connaître un tournant majeur avec la découverte du code génétique et la mise en place d’un cadre notionnel tout à fait novateur seul à même d’exprimer le rôle que joue ce code (c’est-à-dire le système des gènes) sur le double plan de l’embryologie et de l’évolution des espèces — découverte que Piaget pressentait certainement, mais dont il ne pouvait anticiper la spectaculaire progression.
La thèse que va soutenir Piaget dans ce chapitre est celle selon laquelle, pour le vivant contrairement aux machines cybernétiques construites par l'homme, la régulation suprême est précisément la totalité organique que compose tout système vivant (thèse qui rejoint ou que rejoint celle de l'autopoïèse chère à H. Maturana et F. Varela). Un constat vient compléter cette thèse. En ce qui concerne la psychogenèse des systèmes cognitifs, l'un des moteurs principaux de l'équilibration est la dissymétrie initiale entre le positif (toute action est initialement positivement orientée, y compris lorsqu'il s'agit pour le jeune enfant de s'opposer à une action extérieure) et le négatif. L'une des caractéristiques les plus révélatrices du travail de l'équilibration au cours de la psychogenése est la construction des négations permettant à l'enfant de dépasser dépasser les nombreuses perturbations ou contradictions dues à ce déséquilibre initial, de combler les lacunes, de compenser progressivement ces perturbations et lacunes, donc dépasser les déséquilibres de départ – un processus qui aboutira finalement, mais cela n'est plus qu'une partie du problème, certes très importante du point de vue de l'explication de la raison, à la construction des structures cognitives durablement équilibrées de la raison opératoire, même si elles sont elles aussi appelées à être dépassées par des structures opératoires toujours plus puissantes créées au niveau toujours plus abstrait (au sens de l'abstraction réfléchissante) des sciences logico-mathématiques. Enfin, et dans le même sens, ce chapitre esquisse une morphologie des régulations qui offre l'intérêt de montrer comment, en effet, les opérations logico-mathématiques découvertes chez l'enfant et chez l'adolescent sont, ainsi que le remarquait le cybernéticien W. R. Ashby, des régulations parfaites au sens où chaque opération possède son inverse ou sa réciproque pour le sujet (dont le système cognitif opératoire concerné) qui la pense et traite les problèmes résoluble au moyen de ce système.
La seconde partie des conclusions expose la théorie de l'intelligence élaborée par Piaget en lien étroit avec ses nombreuses observations. Cette théorie repose sur la notion d'activité assimilatrice par laquelle le sujet, à travers ses (schèmes d') actions, tend à s'approprier un monde extérieur (au début totalement ignoré par lui en même temps qu'il s'ignore). En plus d'être étroitement reliée aux faits, cette notion offre l'intérêt d'inscrire l'intelligence sensori-motrice dans le prolongement de l'adaptation biologique des organismes à leur milieu. Mais une question se pose alors: comment l'activité par laquelle le bébé assimile la réalité extérieure lui permet-elle de construire un monde peuplé d'objets autres que lui-même? Une part de la réponse tient dans le fait que cette activité assimilatrice ne peut se dérouler sans une accommodation certes initialement totalement confondue avec elle, mais qui ensuite s'en différencie toujours davantage, jusqu'à devenir intentionnelle dans le cas des conduites expérimentales propres au cinquième stade. Mais l'accommodation à elle seule ne peut suffire à expliquer la construction par l'enfant d'une réalité peuplée d'objets (dont certains sont d'ailleurs d'autres sujets). Les faits recueillis apportent la réponse. Piaget rappelle comment cette activité d'assimilation, certes prioritairement orientée vers le milieu extérieur, porte également —au début, par la force des choses, puis, là aussi, de manière de plus en plus intentionnelle, sur les schèmes eux-mêmes, qui tendent à s'assimiler les uns les autres lorsque leur objet est commun. C'est cette assimilation réciproque qui, progressivement, conduit l'enfant à une première forme d'objectivité, c'est-à-dire à attribuer à ce qui ne lui apparaissait d'abord que comme des tableaux sensoriels des propriétés spatio-temporelles et causales qui en font des objets continuant d'exister et interagissant les uns avec les autres indépendamment de l'action propre du sujet. Enfin, Piaget soutient, cette fois sur un plan encore purement spéculatif, que cette assimilation réciproque des schèmes surimpose à l'organisation ou à l'ordre interne propre à tout schème d'action une organisation ou une coordination entre schèmes qui, toujours selon lui, est le "point de départ" de la "réversibilité des opérations" de la pensée logico-mathématique. Il faudra cependant attendre la découverte encore à venir des structures opératoires pour que cette affirmation prenne sa pleine signification et que puisse s'imposer une notion encore absente ou du moins non formulée lors de la rédaction de La naissance de l'intelligence, à savoir la notion d'abstraction logico-mathématique, ou d'abstraction réfléchissante. Aussi important soient-ils, on constate donc que cet ouvrage ainsi que la théorie de l'intelligence sur laquelle il débouche ne sont qu'une étape, certes cruciale, dans cette théorie biologique des connaissances visée par Piaget dès ses travaux de jeunesse (voir à ce sujet Recherche, son essai mi-autobiographique mi-spéculatif rédigé vers 20 ans).
Cet ouvrage appartient à la trilogie des travaux consacrés par Piaget à la genèse de l'intelligence sensori-motrice, à la construction des catégories de l'objet, de l'espace, de la causalité et du temps, ainsi qu'à la formation de la fonction sémiotique chez l'enfant entre 0 et 2 ans environ. Comme les études sur La naissance de l'intelligence chez l'enfant (1936) et La formation du symbole chez l'enfant (1945), celle consacrée à La construction du réel chez l'enfant contient un grand nombre d'observations par Piaget des conduites de ses propres enfants, systématiquement recueillies et cataloguées avec l'aide de son épouse. S'y trouvent également développées de puissantes considérations théoriques qui révèlent comment les catégories kantiennes de la pensée s'enracinent dans les conduites sensori-motrices au moyen desquelles le jeune enfant agit sur son monde, le transforme et s'y adapte.
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