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La troisième partie de l'Introduction à l'épistémologie a pour objet la pensée biologique. Elle est composée de deux chapitres. Le premier (= chapitre IX de l'Introduction à l'épistémologie génétique) porte sur «La structure de la connaissance biologique», ou encore sur «le mode de connaissance propre à la biologie» (comparativement aux sciences mathématiques et physiques). Le second a pour objet «La signification épistémologique des théories de l'adaptation et de l'évolution» (thème dans lequel on reconnaît le prolongement d'une analyse qui a débuté dans les années 1920, dans le cadre des recherches sur l'adaptation des limnées).
Cette troisième partie, par laquelle débute le dernier des trois volumes de l'Introduction à l'épistémologie, est suivie d'une quatrième partie qui, elle, porte sur «la pensée psychologique, la pensée sociologique et la logique».
Précédé d’une brève introduction de deux pages dans laquelle est brièvement présentée la place de la biologie dans le système (circulaire) des sciences, ce neuvième chapitre de l’Introduction à l’épistémologie génétique a pour objet l’examen épistémologique des grandes étapes de la connaissance biologique telle qu’elle s’est déployée dans les domaines de la systématique (la taxonomie), de l’anatomie comparée, de l’embryologie descriptive puis causale, et de la physiologie.
Complété par les réflexions sur les propres activités, observations et thèses que Piaget a pu réaliser et développer dans le cadre de ses travaux de biologie sur la classification des mollusques et sur l’adaptation des limnées, le triple examen de la pensée biologique à l’oeuvre dans les domaines de la systématique, de l’anatomie comparée et de l’embryologie descriptive révèle que les structures qui la sous-tendent sont les mêmes que celles dégagées dans l’examen de la pensée logique de l’enfant. Les activités du biologiste en ces trois domaines sont pour l’essentiel des activités de classification et de sériation, que ce soit sous une forme additive ou une forme multiplicative, ainsi que de mises en correspondance (notamment en anatomie comparée). Toujours en ces trois domaines, la pensée biologique est donc une pensée foncièrement qualitative, les opérations métriques et les déductions mathématiques ne jouant qu’un rôle de second plan dans la structuration des connaissances qui leur sont propres.
Il découle de cette limitation de la pensée biologique (telle qu’elle se présentait encore au milieu du 20e siècle) l’impossibilité de reconstruire déductivement l’évolution des formes biologiques. Pour Piaget, une telle limitation des capacités déductives de la biologie (comparativement aux transformations physiques que la science physique parvient à déduire) tient largement à la nature même de l’évolution biologique dans laquelle le hasard intervient à tous les niveaux. Pour Piaget, il est cependant possible que les progrès de la génétique, en donnant prise à la pensée combinatoire, permette à la biologie de l’évolution de dépasser les limitations propres à la forme de pensée qualitative. De même, l’examen de la physiologie révèle que la biologie peut elle aussi faire usage de démarches cognitives qui ne se limitent pas, pour l’essentiel, aux démarches propres aux groupements logiques tels que Piaget les a formalisés dans son Traité de logique (publié en 1949). En ce domaine en effet, comme en physique, le biologiste parvient à dégager des lois, et même à les déduire à partir de la connaissance qu’il a des mécanismes physico-chimique en jeu.
Notons encore que les dernières sections de ce chapitre ont pour objet, l’une, l’examen de la finalité en biologie, l’autre l’articulation entre explication physique et explication biologique. En ce qui concerne la notion de finalité, Piaget en critique l’usage, dans la mesure où, pour lui, cette notion ne peut être évoquée pour expliquer le déroulement des phénomènes physico-chimiques (auxquels la biologie tend toujours davantage à réduire son objet). La finalité (qui doit être complètement dissociée de la notion de cause) n’a de sens, à ses yeux, que sur le plan des implications propres à la conscience, plan qui intervient parallèlement à celui de l’enchaînement des causes étudié par la biologie (psychologie du comportement comprise, dans la mesure où sont mis entre parenthèses le flux de la conscience et ses états).
En définitive, ce chapitre est une illustration de la connaissance approfondie que Piaget avait, lorsqu’il l’écrivait, des sciences biologiques et de leur histoire, qu’il aborde à la manière dont il le fait pour le développement des connaissances chez l’enfant et l’adolescent. Cependant, il faut souligner qu’alors même que Piaget écrivait ce chapitre, la biologie, et en particulier la biologie de l’évolution, allait connaître un tournant majeur avec la découverte du code génétique et la mise en place d’un cadre notionnel tout à fait novateur seul à même d’exprimer le rôle que joue ce code (c’est-à-dire le système des gènes) sur le double plan de l’embryologie et de l’évolution des espèces — découverte que Piaget pressentait certainement, mais dont il ne pouvait anticiper la spectaculaire progression.
Cette conclusion d'un ouvrage qui est une clé majeure du constructivisme piagétien a ainsi pour intérêt secondaire non négligeable de permettre de prendre connaissance des premières réflexions de Piaget relativement aux résultats des travaux encore en cours sur le développement de la pensée opératoire concrète. De ce fait, elle permet de prendre la pleine mesure des travaux et réflexions ultérieurs qui seront nécessaires pour atteindre des degrés d'explication supérieure à celle proposée à la fin des années trente, mais aussi jusqu'aux années 1940, quant au problème de la genèse des structures opératoires, elles-mêmes explicatives des propriétés de cette première forme de pensée rationnelle.
On trouve aussi dans ces pages de précieuses indications sur l'importance accordée par Piaget aux contacts du bébé avec autrui dans les "processus d'objectivation et d'extériorisation" du réel. Autrui est saisi par le bébé comme le premier centre de causalité distinct de l'action propre (p. 220 et p. 278), et ceci s'esquisse dès le 3e stade du sensori-moteur, grâce à l'assimilation des actions d'autrui à ses propres actions ainsi qu'à l'imitation des actions d'autrui (c'est cependant au 4e stade que la différenciation entre action propre et action d'autrui sera suffisamment complète pour qu'il y ait un début d'attribution de causalité indépendante à cet être particulier qu'est une personne). Piaget expose également dans ce chapitre la façon dont la causalité physique et la causalité psychologique (ou l'intentionnalité) en viennent à se différencier dans les derniers stades de construction de causalité sensori-motrice.
Enfin, dans les conclusions de ce chapitre, Piaget prend appui sur les observations faites sur ses trois enfants entre 0 et 2 ans pour discuter les thèses classiques ou récentes de philosophie des sciences sur la causalité (l'associationnisme de Hume, le vitalisme ou subjectivisme de Maine de Biran, l'apriorisme de Kant, le conventionnalisme), et, tout en reconnaissant leur part de vérité, leur opposer le relativisme ou interactionnisme sujet-objet, seul à même de rendre compte de ces observations.
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